在剩下的“材料与方法”“结果与分析”和“讨论”部分中，蔡文的“材料”部分与黄文几乎相同。而在“结果与分析”中，除了第一部分、第四部分在黄安乐的文中找不到出处外，其他都可以找到原话。

　　除了大段文字的完全相同，蔡文对段落中的词语也进行过同义替换，比如将“没有那么乐观”改为“没有那么简单”，将“不能”改为“无法”，将“至今为止”改为“迄今”。更隐蔽的修改方式为增加或删除不影响句意的短语、更改语序和概括语意。

　　以摘要为例，在第四段，蔡文将黄文中的“从分子水平探讨胃癌细胞浸润与基质金属蛋白酶9的关系”改为“胃癌细胞浸润、转移能力与MMP-9密切相关”。其中，基质金属蛋白酶-9即为“MMP-9”的全称。像这样，将原文中的中文改为英文，或是全称、简称互换，在蔡文中还有“RNA 干扰”和“RNAi”。

　　在更改语序上，蔡文前言的第一句就对黄文做了语序改动。黄文前言的第一句为“恶性肿瘤患者常常死于浸润、转移，作为癌组织重要的生物学特性——浸润、转移一直是人们研究的热点”，而蔡文中将“浸润、转移”提前，精简为“浸润、转移作为恶性肿瘤重要的生物学特性一直是人们研究的热点。”

　　在概括语意上，最明显的是对某一环节方法的概括。在黄文中，“常规细胞生物学方法”中的“哺乳动物细胞常规培养”共有5小节，而在蔡文中则将前4节概括为一句，即“细胞培养按照常规分子生物学方法进行细胞复苏、培养、传代以及冻存。”而在数据图表的使用上，蔡中使用的23组图中，有15组图来自黄安乐的论文。

　　即使是在致谢部分，蔡文致谢的第二段和黄安乐文中致谢的开头，差别仅在于年份。申请硕士学位的黄安乐写下的“三年的时光一晃而过”，复制到蔡文中，变成了“五年的时光一晃而过”。

　　值得注意的是，蔡建春的这篇博士论文还与其另一位硕士研究生黄坤寨的硕士论文存在部分重合。

　　黄坤寨的硕士论文《基于RNA干扰技术的MMP-9基因沉默胃癌动物模型建立》，是在蔡建春博士论文发表后的两个月发表的。在蔡文中“方法”部分的第五小节，“细胞数量与裸鼠分组”和黄坤寨文中的“裸鼠对照实验分组”高度相似。此外，还有部分图表雷同。

　　厦大称“将进行调查”

　　2010年2月，蔡建春发表了论文《基于RNA干扰技术的MMP-9 基因沉默胃癌细胞克隆》，申请答辩厦门大学高分子化学与物理专业博士学位，并成功获得学位。2012年，蔡建春任厦大附属中山医院长和厦大医学院常务副院长。